南京市医药中等专业学校于1985年经江苏省人民政府批准建立，行政隶属于南京市食品药品监督管理局，是南京市唯一一所医药类全日制公办中等专业学校。学校先后被评为江苏省重点职业学校、江苏省三星级职业学校、南京市高水平特色职业学校。

南京市医药中等专业学校，隶属于南京市食品药品监督管理局，是一所专门为医药行业培养医药专业技术人才的全日制学校。中专专业设置：药剂、药物制剂、医药财会、中药学、药品检验、食品检验、化学制药等七个专业，学制三年。高职（大专）专业设置：药学、药物制剂技术二个五年制高职专业。

学校目前还挂牌南京市药品监督管理局培训中心（一套班子二块牌子），担负着南京市药品监督管理局、劳动局、人事局所赋予的就业人员上岗、职业技术鉴定、专业技术人员继续教育等项工作，学生毕业后同时可获得南京市药品监督管理局培训中心颁发的就业上岗等级证书，为学生就业、学习、深造、发展提供了极好的条件、极大的空间。建校至今，学校为医药行业输送了19届符合医药企业用人标准的实用型人才，在社会和医药行业赢得了良好的声誉，许多大中型医药企业把我校作为固定的人才培养基地，毕业生就业年年呈供不应求的局面。